1978年，科教事业迎来了春天，农业高等教育的发展也迎来了转机。北京农业大学和北京农业机械化学院在邓小平等中央领导的亲切关怀下，分别从河北涿县、邢台先后搬回北京原址办学。

学校自1980年恢复本科、研究生招生后，招生规模不断扩大，同时在教育教学改革上取得突破，完善了学科设置，教学研究成果斐然。1984年，国务院将北京农业大学列为全国重点建设的十所高等院校之一。1985年，北京农业机械化学院更名为北京农业工程大学。

在1978年的全国科学大会上喜获12项殊荣之后，农大人牢记“解民生之多艰”的宗旨，继续在国民经济主战场上为“三农”服务，解决农业生产建设的实际问题。1978年～1995年间，学校取得科研成果国家级、省部级奖励约280余项。

进入八十年代后，学校再次打开大门，与德国、美国、日本、澳大利亚、加拿大、以色列、泰国、韩国等的大学、研究机构建立合作关系。国际交往的日益增多，逐步打开了师生们的视野，成为学校进入改革开放新时代后有效提升教学质量，探索办学新思路，培养高层次科研人才必不可少的手段。