1995年10月，北京农业大学与北京农业工程大学合并，一所规模更大、学科设置更趋综合化的新型农业大学——中国农业大学正式成立。国家主席、中共中央总书记江泽民为学校题写了校名。

合校后的十多年，在四届领导班子的统筹规划和组织带领下，依靠师生员工的努力拼搏和锐意进取，学校顺利实现了平稳过渡，逐步推进实质合并，进行了机构改革与创新，提高了教职工待遇、加强了校园综合治理。中国农业大学的教学、科研、校园建设和政治文化生活等方方面面正在飞速发展，取得了令人瞩目的成就。

1998年，学校被列入国家重点建设“211工程”高校；2003年，学校被列入国家重点建设的高水平大学“985工程”高校行列。2003年5月4日，国务院总理温家宝视察中国农业大学，发表了重要讲话。2009年5月2日，中共中央总书记、国家主席、中央军委主席胡锦涛视察中国农业大学，与学校师生亲切座谈并发表了重要讲话。