1937年，抗日战争爆发。北平大学等数所大学几经辗转，迁至陕西，组成国立西北联合大学，平大农学院成为西北联大农学院，后又与西北农林专科学校合并组建国立西北农学院。
国难时艰中，平大农学院因国土沦丧而消失，新的国立西北农学院建立起来，这对大西北地区高等农业教育而言无疑是一大贡献，中国近代史上第一所国立农科大学的历史却一度中断。